Si la base est en local, j'utilise Carbon Copy Cloner qui me fait un back up de tout ce qui a été modifié sur mon disque dur, sur un autre disque jours tous les jours (dont les fichiers Filemaker). C'est transparent, ça se fait automatiquement...
Sinon, si ce n'est que des fichiers filemaker, on peut aussi sauvegarder spécifiquement tous les fichiers qui seraient dans un dossier spécifique sur un autre disque dur...